1728 erfuhr die Nicolaikirche eine Vergrößerung durch einen barocken Chor - Anbau. Im Zuge dieser Arbeiten wurde Johann Hinrich Klapmeyer (Glückstadt) beauftragt, das Orgelwerk seiner Vorgänger auf eine neue Empore im Westen der Kirche zu versetzen. Dabei bekam die Orgel zwei Pedaltürme mit einem neuen Prinzipal 8‘ im Prospekt. Sie hatte nun je ein Prinzipal 8‘ - Register in Hauptwerk, Rückpositiv und Pedal. Zudem baute Klapmeyer ein neues Brustwerk mit 6 Stimmen,
das er unter Fritzsches Hauptwerk platzierte. Klaviaturen und Mechanik wurden erneuert, zudem erhielten die neuen Zungenstimmen Trompete 8‘ und Vox humana 8‘ Aufstellung im Hauptwerk.
Nach Abschluss der Arbeiten besaß die Orgel nun 35 Register auf 3 Manualen und Pedal. Die Orgelbauer Johann Werner Klapmeyer und sein Sohn Hinrich genossen einen guten Ruf im Lande Hadeln. Sie waren in den Jahren zuvor mit Wartungs- und Reparaturarbeiten unter anderem in Lüdingworth, Otterndorf und Dorum in Erscheinung getreten. Der Vater lernte bei Arp Schnitger sein Handwerk und gab dessen Bauprinzipien an seinen Sohn weiter. Die Qualität seiner Arbeiten dürfte den Kirchenvorstand Altenbruch bewogen haben, Johann Hinrich den Auftrag für den Erweiterungsbau der Nicolai - Orgel zu erteilen.
Johann Hinrich Klapmeyer, 1727*
Hauptwerk ( CDEFGA - c³)
Principahl (Prospekt) 8' Fritzsche 1649
Quintadohn 16' Fritzsche 1649 (Reste von Pfeifenmaterial 1498)
Gedackt 8' Fritzsche 1649
Octav 4' Fritzsche 1649
Waldflöt 2' Fritzsche 1649
Mixtur 5fach Fritzsche 1649
Cimbel 3fach Fritzsche 1649
Trommeth 8' Klapmeyer 1730
Vox humana 8' Klapmeyer 1730
Rückpositiv ( CDEFGA - c³)
Principahl (Prospekt) 8' 16. Jahrhundert
Gedackt 8' Fritzsche 1649 (weniges Pfeifenmaterial von 1498 ?)
Quintadöhn 8' Fritzsche 1649
Octav 4' 16. Jahrhundert / Dropa 1699
Gedackt 4' Fritzsche 1649
Nasat 3' 16. Jahrhundert
Super Octav 2' Dropa 1699
Blockflöt 2' 16. Jahrhundert
Sexquialtera 2fach Fritzsche 1649
Scharff 4fach Fritzsche 1649
Dulcian 16' Fritzsche 1649
Kromphorn 8' Fritzsche 1649 / Dropa 1699
Brustwerk ( CDEFGA - c³)
Gedacktes 8' Klapmeyer 1730
Gedackt 4' Klapmeyer 1730
Super Octav 2' Klapmeyer 1730
Quint 11/2' A. Schnitger zugewiesen
Scharff 3fach Klapmeyer 1730
Knop Regal 8' Klapmeyer 1730
Pedal (CDEFGA - d1)
Untersatz 16' 16. Jahrhundert (weniges Pfeifenmaterial von 1498 ?)
Prinzipahl (Prospekt) 8' Klapmeyer 1730
Gedackt 8' Dropa 1699
Octav 4' Dropa 1699
Mixtur 4fach Dropa 1699
Posaun 16' Fritzsche 1649 / Dropa 1699
Trommete 8' Fritzsche 1649 / Dropa 1699
Cornet 2' 16. Jahrhundert (nicht mehr vorhanden)
Tremulant
2 Zimbelsterne
Tonhöhe: Chorton (ca. ½ bis Ganton über 440 Cent)
Stimmung: derzeit nicht nachweisbar (modifiziert mitteltönig oder wohltemperiert?)
7 Bälge
Dank guter Pflege und Wartung überstand die Orgel relativ unverändert die folgenden Jahrzehnte und blieb von gravierenden konzeptionellen Eingriffen verschont. Einzig eine im Jahre 1957 durchgeführte Restaurierung mißlang vollends, da die Verantwortlichen eine auf Hypothese beruhende Klangvorstellung von barocken Orgeln in Altenbruch verwirklicht sehen wollten. Das verheerende Resultat dieser Maßnahme bewog Orgelsachverständige verschiedener Nationen , dies als Anlaß zu nehmen um in Altenbruch neue, allgemein verbindliche Regularien für künftige Restaurierungen im In - und Ausland festzuschreiben.
Der „Internationale Kreis für Orgelfragen" (Altenbrucher Kreis) wurde ins Leben gerufen und man traf sich bis 1979 zu Tagungen an verschiedenen Orten.
1967 führte die Werkstatt Rudolf von Beckerath die vorletzte Restaurierung durch. Dabei konnten erhebliche Veränderungen (vor allem am Pfeifenwerk) größtenteils rückgängig gemacht werden, da die Pfeifen - Mensuren bereits vor 1957 durch das
Landeskirchenamt Hannovers sichergestellt waren.
Die Altenbrucher Orgel - von den besten Meistern ihrer Zeit erbaut und fortentwickelt - erfuhr in den Jahren 2002 bis 2004 eine erneute meisterliche Restauration durch die Orgelbauwerkstatt Jürgen und Hendrik Ahrend aus Leer - Loga.